受军事委员会命，任东征总指挥。
派俞正鹏组织运输总站部，即任为总站长。
下准备出发令。
中央执行委员会任命周恩來为第一军第一师党代表，贺衷寒为第一团党代表，金佛庄为第二团党代表，包惠僧为第三团党代表，徐坚为第三师第四团党代表，严凤仪为第五团党代表，蒋先云为第三师第七团党代表，张际春为第八团党代表，王逸常为第九团党代表。
由于东征军主力回师广州讨伐杨、刘叛乱，国民党左右两派又斗争尖锐之时，陈炯明趁机纠集起东江、粤南、北江各路反革命军队约四万多人，重新占领了东江一带，并企图进攻广州。
1925年9月28日，军事委员会任命蒋介石为东征军总指挥，以国民革命军第一军和第四军为主力，编成三个纵队再次东征，由何应钦、李济深、程潜分别担任第一、二、三纵队长。由于国民革命军已有六个军的兵力，所以这次东征黄埔学生未编入，仍留校学习。但抽出两个大队的学生做广州市和虎门要塞的防守部队。汪精卫继廖仲恺任黄埔军校党代表，因周恩來任第一军政治部主任随军东征，军事委员会复任命邵力子为黄埔军校政治部主任，留校负责工作。
附蒋介石下准备出发令
(一)此次出征东江，分三期出发，第一期为十月一日，第三师全部及第二师第四团出发。第二期为十月五日，第一师全部及军部出发，第二师第五团第一、二营开驻省城警戒。第三期为十月九日，其他各部队出发。(二)各师团营出征官佐、士兵花名册，限出发三日以前呈报军部。(三)各师团营夫役，每名支工银十二元，另津贴伙食六元，共支十八元。(四)各师团营官佐士兵，每人每月津贴米银二元四毫，另加菜银六毫，自出发之日起算。(五)行军费，团部每月四百元，营部每月八十元，各连每月三十元，概自出发之日起算。又行军时茶水、谍报、带路、稻草及零星杂支，均归行军费内开支，归入临时计算报销。(六)各师团营火把筒，由各该师团营自备，每班一个，但第四团归军部备。(七)出征时各师团营，得设置差遣员，师部三员，每团二员，每营一员，均月支准尉薪三十元。(八)现在已经准备出征，各师团营各级军官佐，不准稽留省城，投考航空学校。(九)对于挑夫，不准任意责打，并不准拉夫，如敢故违，撤职严惩；士兵违者，该管长官亦受处分。(十)出征部队各级官佐，如有家眷住省，应将住址汇报军部经理处，准按月提前代理支薪水三分之二，由经理处于发薪时扣除。(十一)出征部队，由经理处提前发给伙食军费等半个月。(十二)各师团营，无论部队大小，凡出发到达时刻，均应切实报告，如违议处。(十三)定三十日午前八时，召集各师团经理、卫生、辎重、交通各主管人员，及军部参谋、经理、军医、交通、管理各处处长，输送总站长，在部会议，由参谋长主席，讨论联络方法及其他一切手续事宜。(十四)凡各部队公物，不准擅自取回家内应用，违者议处。如敢擅取人民物品，作抢劫论，缴获敌军枪械，匿不报告者，按照革命军刑事条例惩办。(十五)各师营伤病官佐士兵薪饷，发至九月底止，以后由后方病院造册发给。官长请事假，亦须由后方军部造册发薪，但原属部队应汇报军部存查。(十六)各团营保案，须在出发前一律发表。(十七)各部队战斗，须将帽带挂下，并注意领扣臂章。(十八)出征时，每连带斧头三把，每兵带麻绳一丈。此令。总司令蒋中正。
上午，检阅第八团。
颁行军令。
调任严尔艾为教导第二团第二营营长，钱如一为第六团第三营营长。
晚七时，军校特别党部开党员大会，选举各组组长(预备第二次全国代表大会出席选举)。
附颁行军令
(一)潮梅逆残，近得各方接济，谋燃死灰，确有分途进犯之企图，其详情经饬第一军部另纸通报。(二)我军为巩固革命策源地起见，拟于最短时间，肃清潮梅之敌。(三)各部队分期出发，集中地点照左式之规定(式略)。(四)各纵队所属各部队之后方联络线，由各纵队长筹设之。(五)各部队出发及到达时日，均应报告。(六)战斗序列暨此次作战总计划，候另文颁发。(七)余现在广州，各部队集中后在石龙。1?地图用十万分之一；2?本部派遣谍查人员，均携有象棋子枚为识别；3?特别口号等，均规定于副通信法内，另纸分发。给养品补充之规定：一、运输站应时储三日分之粮食，备各部队之现金购买。二、米价规定每百斤毫洋八元。三、前方各部队之食盐，由运输站准备，每日预算六百五十斤，每连每日准备盐二斤，不另收价。四、如奉令特发给养品时，照左列之数量领发：1?荤菜罐头，官长二员一罐；2?饼干，官长四员一盒。信件传递手续之规定：一、各师旅团营连，及各部官兵之來往信件，概交运输总站转递。二、凡一切之信件，运输站应尽先递送，但由后方送前方者，交总指挥部副官处接收，转交运输站递送；由前方递送后方者，亦交总指挥部副官处，转交运输站递送。三、凡信件应各自行分别包裹，以便转送。四、前方送后方之信，未贴邮票者，由运输站代贴，但发信人应将队别姓名书明，以便查考。五、信件每日收送两次，其时间由运输站规定通知。前方伤病兵转运交接方法：一、运输站应预先派定专员，接待前方送來之伤病官兵。二、前方发生战争时，在最前之运输站，应预备稀粥开水，以待负伤官兵之用，或给与牛乳。三、凡负伤官兵到站，应随到随送，中间经过之站，不得停留，但须招待茶水饮食或牛乳。四、凡运送负伤官兵，以直达省城为宜。五、前方运输站之负伤官兵及病兵送省时，须将人数电告军医处，以便准备接待。六、军医处应于前方战争开始后，派定官长一员，担架四个，常驻车站备用，通信联络之规定：一、军师旅团营连之通讯，如左办法：1?军部通信队，任军部与师部间电线之架设。2?师队〔部〕通信队，任师部与团部间电线之架设。3?团部通信队，任团部与营连间电线之架设。二、为图迅速通讯起见，各通讯队应互相联络，不得观望。三、军部交通处，应时时准备各种通讯材料之补充。战利品临时经管之规定：一、战利品之呈缴，分直接呈缴与按次呈缴两种。1?直接呈缴，就当时利便起见，由各连直送总指挥部副官处接收，一面将情况报告直属长官。2?按次呈送，各连按照向例，由直属机关转呈。二、总指挥部副官处接收各种战利品，应分别良品与不良品，以定解送后方之先后缓急。三、运输站须将战利品迅速运赴后方之处置，交经理处接收。四、如遇情况变化时，一切物品，运输站得便宜处置之。关于输送之规定：一、各师旅团营连以及各部处人员、马匹、物品之运送人员马匹，应遵照规定时间，交到车站，乘载物品，应于开车二小时前，交到运输站转递。二、给养品每三日运送一次。三、凡人员输送，无论个人或部队，运输站有妥为照料之责。关于单人之给养，亦须供给，但受给养人，须签字存查。四、专车非有总指挥之许可证或命令，不得开驶。此令。
上午，研究作战计划。
下午四时，莅第一师部誓师。以是时大雨淋漓，各官兵鹄立静听，精神充满，预祝军行胜利。
东征军出发前，蒋介石在苏联顾问和**的帮助下，制定了周密的作战计划和严明的军纪条文，军饷、出发津贴、菜金等，都有明确的规定，并向广大官兵公布，10月1日开始，东征军陆续出发。
下午，与汪、谭、朱三委员密议。
晚，军校高等军官宴赏中秋，席间演说。校党代表汪兆铭宣言就职。十时散。回要塞部，月色朦胧，就睡。已又起，乘屋顶，仰观蟾光圆溢，更深人寂，但闻唧唧虫声，喟然曰：“如此良夜，而佳兴索然，党国危难，唯居一身当之，小子可不自勉。”(“小子”句系蒋所加，原为“何日得息肩耶?”)
军校高等军官宴赏中秋，席间蒋介石演说。略曰：去年今日廖同志在此宴会，现已为党牺牲，明年大家能否见我和汪先生，正不可知。（并说许总司令此次离粤，因其部下有反革命行动。）云云。
下午，在寓商议处置军事。(原为“处置川事”)
派张治中代理入伍生第一团团长。
呈请任命李皋为军校教导第一团团长。
痛揭军官弊端文。
夜分归黄埔，宵深人静，明月中天，悄立要塞部外，悠然如入梦境。
为了使东征军军纪严明，出师告捷，蒋介石于4日又特别对东征军痛捣第一次东征时的种种弊端，以告诫广大东征官兵。主要弊端为：拉夫、贪污夫役工钱；打骂老役夫；擅入民房随意吃喝；下级军官有的怠惰，有的嫖赌成性；官长虐待士兵；吃空额等等。
附蒋介石所作痛揭军官弊端文
一、我党革命之目的，在救国救民，其成败亦在于得民心与否为断。前次东征，虽似得一班人民之响助，以歼灭陈逆残孽，然其中仍不免种种弊端，人民亦多有不满意之处，特举其尤甚者于下，俾我全军将士之警戒，如仍蹈旧习，必予严惩焉。甲、对于夫役之弊端：(1)甲地雇夫，挑至乙地，应放其返家，乃有之乙地。一班人不问其该地雇夫难易，该夫是否情愿明日再挑，即不分男女老少，竟全数扣押关闭，硬使挑三五日不等。我军虽满口说不拉夫，此种行动较拉夫有过焉。实行拉夫者，尚未拉及老妇少女，而此竟将老妇少女驱役至数百里外，甚至途远忘归，此最为伤心痛恨者也。(2)特务长及军需、军士，每多短给夫钱，间有不肖连长，亦故意瞒吞夫钱，夫役知其舞弊，或向上级官禀告，乃舞弊人竟辩已完全足给，又加辱骂其告发之人，而上级官毫不明察，敷衍了事。于是公家虽备有充裕之夫钱，而此钱多入少数人之私囊，以致夫役怨恨也。(3)老病夫役，至途中实在不能行走，或迟行不及大队，竟以拳足痛打，惨不忍睹，而我革命军中尚有此种现象，良堪浩叹，尤可痛者。有由梅回师至淡水，雇有女夫，约五六百名，挑至铁场围，竟全数关闭，该女夫皆放声痛哭，闻者酸心，草木落泪。该地偏小，雇夫甚难，此种办法，情出不得已。予敢相信尔时果有一二人向其委婉言辞，透切劝慰，或每人我加一两毫钱，该夫虽不说我军是极好，亦必谓我军比别军多给工资，而竟无一人出一言以安慰，不知负有宣传工作，监督不良行为之责者，自问能无愧否?乙、在宿营地之骚扰：(1)每到宿营地，一班士兵多任意拥入民家，烹煮食物，而官长亦有不禁止其士兵，人民颇觉骚扰不堪。(2)设营人员不问其该地是否有庙宇、祠堂及空屋等，多宿人民住家，人民不堪其扰，以致其敢怒而不敢言。以上诸端，虽系少数，但凡事成之则难，败之甚易，如我军千万人守军纪，护人民，其中一二人破坏之，全军名誉亦因之扫地无余。以后行军，倘不从严惩诫，设法改良，任一班不良分子任意乱为，徒托空言爱民救民，恐民不相信，不特无益，且害莫大焉。况我党正在生死存亡关头之中，非切实爱护人民，使人民拥护，岂能存在乎?二、本军部队骄惰，已成习惯，凡我同志如不竭力矫正，其败亡可立而待。兹将既往之弊急应痛改者，述之如左，如不切改，一经查明，定予军法从事，勿谓众人耳目可掩而冥顽如故也。