（一）从多样到统一
由于民办教育系统自身演化的复杂性，以及政府对民办学校治理形式缺乏统一的规定和要求，在《民办教育促进法》出台之前，民办学校内部治理形式杂乱多样。当时较为常见的内部治理形式包括董（理）事会领导下的校（院）长负责制、校长负责制、校务委员会领导下的校长负责制、教职工代表大会基础上的校长负责制（这类学校主要由集体发起成立，无实质性的出资者，教职工根据工作时间长短和贡献大小享有学校股权）、主办企业领导下的校长负责制等。这些治理结构形式名称各异，治理主体的职责和权力范围各不相同。教育部有关部门2000年对159所民办高等教育机构和744所民办中小学的调查发现，约67%的民办高等教育机构实行董事会领导下的校长负责制，28%实行校长负责制；约57%的民办中小学实行董事会领导下的校长负责制，28%实行校长负责制。[5]
这种状况一直延续到2002年《民办教育促进法》及其实施条例颁布之后，民办学校才逐渐朝着建立董（理）事会领导下的校（院）长负责制方向发展，到2016年通过新《民办教育促进法》，明确将实行民办学校非营利性、营利性分类管理，民办学校法人治理结构统一到实行董（理）事会领导下的校（院）长负责制。
董（理）事会领导下的校（院）长负责制明晰了学校董（理）事会和校长的权责范围。学校董（理）事会行使下列职权：聘任和解聘校长；修改学校章程和制定学校的规章制度；制定发展规划，批准年度工作计划；筹集办学经费，审核预算、决算；决定教职工的编制定额和工资标准；决定学校的分立、合并、终止和其他重大事项。校长负责学校的教育教学和行政管理工作，行使下列职权：执行学校理事会、董事会或者其他形式决策机构的决定；实施发展规划，拟订年度工作计划、财务预算和学校规章制度；聘任和解聘学校工作人员，实施奖惩；组织教育教学、科学研究活动，保证教育教学质量；负责学校日常管理工作；学校理事会、董事会或者其他形式决策机构的其他授权。
在实际运行中，受政策法规不完善、学校发展沿革、社会环境以及举办者理念等因素影响，仍有相当一部分民办学校的法人治理结构只是停留在形式上，未充分付诸实施并发挥应有的作用。这些问题将在下一节讨论。
（二）从“任性”到理性
在发展初期，民办教育在夹缝中求生存。为了获取更多资源，一些民办学校利用国家法规政策对学校内部治理规定尚不健全、相应规范制度缺乏的漏洞，在功利性办学的刺激下，忽视内部治理建设，“任性”办学。少数投资者单纯追求经济利益而忽视教育质量，违背教育公益性原则，在社会上造成了负面影响。个别民办学校滥用办学自主权，利用虚假招生广告欺骗群众，不能做到诚信办学，等等。随着学校发展，民办学校内部治理机制方面的缺陷日益严重，由此导致的深层次问题不断显现。2004年托普集团办学圈地事件、2005年南洋教育集团倒闭事件、2011年福建仰恩大学师生罢课群体抗议事件等在一定程度上均由内部治理紊乱所致。
民办学校办学中的混乱现象和严重问题引起了政府和主管部门的高度关注。2006年国务院办公厅印发《关于加强民办高校规范管理 引导民办高等教育健康发展的通知》，文件指出“近一段时间来，有些地方的民办高校相继发生因学籍、学历、收费等问题而导致的学生群体性事件，经过地方党委、政府和高校的努力，这些事件已经平息，正常的教学秩序已经恢复。这些事件的发生，既是民办高校发展进程中出现的问题，也是民办高校深层次矛盾长期积累的结果，集中反映了一些民办高校办学指导思想不端正、内部管理体制不健全、法人财产权不落实、办学行为不规范，也反映了一些地方政府对民办高校疏于管理、监管不到位。这些问题如不引起高度重视并及时解决，势必影响民办高等教育的健康发展和社会稳定”。因此，政府和主管部门在后续出台的法规制度文件中，不断强化对民办学校内部治理的要求。
日益激烈的市场竞争也暴露出民办学校内部治理的短板，一批方向不明确、内部治理混乱的学校被市场淘汰。2007年的一项调查显示，20世纪80年代末90年代初，北京市成立的15所民办学校只剩下3所，四川成都40多所民办学校只剩1所。在大浪淘沙中生存下来的民办学校充分认识到内部治理的重要性，趋于按照法规制度的引导和要求，加强内部治理机制建设，更加注重理性办学，并逐渐构建面向市场、依法办学、民主管理、自主发展的长效机制。
（三）从粗放到精细
初创时期，民办学校办学层次较低，办学条件较差，办学规模较小，学校的组织形态、管理模式等带有一定的自发性，多采用家族化、亲情化或友情化明显的小企业管理模式。“夫妻店”“父子兵”“兄弟连”“朋友帮”往往能够形成非常有效的工作团队，既能提高效率、节省成本，又便于统一思想、保证内部团结一致，容易控制办学风险。[6]在20世纪90年代初期民办教育大扩张大发展期间，民办学校大都将发展重点放在规模扩张上，学校领导主要忙于应付规模扩张所带来的基本建设和条件配备压力，无暇顾及内部治理机制建设，仍沿用成立之初的家族化、企业式管理，或简单模仿公办学校，管理方式总体上是粗放式的。
随着民办教育规模扩张发展黄金期的消逝，以内部治理为核心的内涵式建设成为民办学校的必由之路和建设重点。民办学校更加注重建立健全学校组织机构与制度，加强董事会等决策机构建设，建立理事会决策、党政联席会议决策、校长办公会议决策等决策制度，完善人事制度、财务制度、后勤制度等执行制度，以及逐步建立工会制度、教代会制度、学代会制度等民主管理制度。同时，民办学校也充分利用其办学体制机制优势，走管理精细化之路。如浙江越秀外国语学院积极探索与实行“理事会领导、校长负责、专家治学、民主管理、党组织发挥政治核心作用”的内部治理机制，健全学校管理制度，梳理优化260余项涉及教学、科研、学生管理、财务、后勤等方面的管理制度，推动“目标管理、标准化管理，绩效考核”的“二标一考”管理创新。又如西安欧亚学院在全校推进组织结构变革与重组，推进职能部门从监督控制转向服务支持的角色转变；以美国波多里奇质量保障体系为标准建立绩效管理指标体系，在学校绩效管理中全面推进卓越绩效模式（Performance Excellence Model），开展以全面推进授权为核心的二级学院管理机制变革。[7]
（四）从管理到治理
2013年，党的十八届三中全会提出“推进国家治理体系和治理能力现代化”，将治理理念上升到国家高度。民办学校作为社会组织的一个重要组成部分，是国家治理体系的内容之一。完善民办学校治理体系、推进治理能力现代化，既是推进国家治理体系现代化的根本要求，也是深化教育综合改革、推动教育现代化的迫切需要。
伴随着教育综合改革、内部治理结构改革的推进，民办学校内部管理方式也逐渐由注重管理走向强调治理。这里需要说明的是，强调民办学校治理并非弱化管理，治理与管理是一种互补关系，两者缺一不可。从时间边界来看，民办学校管理产生的时间早于治理，治理是民办学校发展到一定阶段的产物。民办学校由管理转向治理是在国家出台《社会力量办学条例》，对民办教育予以政策重视、扶持与鼓励的背景下开始的，并在近年来逐步成为发展的主流。从制度边界来看，民办学校治理的基本前提是学校利益主体的多元化以及所有权与管理权的分离。从规模边界来看，当民办学校规模较小时，管理职能占主导地位，随着学校规模的逐步扩大，治理职能越来越重要。[8]在作为基层组织的民办学校中，治理与管理更需要协同推进。具体来说，治理作为教育机构未来改革的方向，强调的是“自主办学、学术自由、平等沟通、协商共治、程序合法”等理念的引入与践行，并将所有关涉学校发展的利益相关主体纳入治理结构，真正地实现以协调沟通、横向参与保障的各主体之间动态平衡的结构。[9]治理提供了民办学校运行的框架和基础，而管理则在这个框架与基础下负责具体的目标实施，同时管理又对治理起到调节作用。只有使民办学校治理与管理合理分工、密切合作，民办学校才能实现良性运转。