随着民办教育快速发展，中央和地方政府高度重视民办学校的内部治理，并连续出台相关政策，重点要求民办学校完善内部治理框架。
1993年，国家教委颁布改革开放后针对民办学校的第一部行政规章——《民办高等学校设置暂行规定》。这一规章对民办学校的党团组织、校长任免等内部治理要素作出规定：学校建立共产党、共青团和工会组织以及必要的思想政治工作制度；民办高等学校校长的任免，须报省级教育行政部门核准；国家明令撤销的民办高等学校，校长应负责对其在校学生妥善安置。1996年，国家教委出台《关于加强社会力量办学管理工作的通知》，对民办学校教育教学管理制度、财产财务制度等提出了更加明确的要求。
《社会力量办学条例》首次提出社会力量兴办的教育机构“可以设立校董会”，并规定校董会的职责是“提出校长或者主要行政负责人的人选，决定教育机构发展、经费筹措、经费预决算等重大事项”；规定“校董会由举办者或者其代表、教育机构工作人员的代表和热心教育事业、品行端正的社会人士组成，其中三分之一以上的董事应当具有5年以上教育、教学经验”。第二十二条对校长选拔作出规定：“校长或者主要行政负责人负责教学和其他行政管理工作”；“教育机构的校长或者主要负责人的人选，设立校董会的，由校董会提出；不设立校董会的，由举办者提出，经审批机关核准后聘任”。该条例是当时国家颁布的与民办教育发展直接相关的最高法规，在这一政策文本中，民办学校设立“校董会”并不是强制性的要求。
为了更好地实施《社会力量办学条例》，同年国家教委发布《关于实施〈社会力量办学条例〉若干问题的意见》，再次明确：教育机构应建立健全内部决策、执行和监督的管理体制，建立健全各项管理制度，实行民主管理；实施学历教育的学校和专修（进修）学院、专修（进修）学校以及规模较大的幼儿园原则上应设立校董会；校董会的组成、职责、权限、任期、议事规程等应在教育机构章程或校董事会章程中作出规定；校董的年龄一般不超过75岁；教育机构的校长（院长、园长）全面负责教育机构的教学、财务及其他行政管理工作；校长应具有高尚的思想道德品质、五年以上从事教育教学工作的经历以及与教育机构的层次相适应的学历水平，并经过岗位任职资格培训；校长的年龄一般不超过70岁。
这一阶段，国家政策法规对民办学校内部治理的规定还存在一定的模糊之处。如《关于实施〈社会力量办学条例〉若干问题的意见》与《社会力量办学条例》相比，在设立校董会的态度上更为坚决，从“可以设立”转为“原则上应当设立”，拓展了董事会职责范围，但是对董事会职责内容的规定不够清晰，导致民办学校选择性执行或出现执行偏差。针对这一时期民办教育发展迅速但民办教育制度滞后的现象，国家加快了民办教育立法进程。2002年12月，第九届全国人大常务委员会第三十一次会议通过《民办教育促进法》，为民办学校内部治理提供了更坚实的法律基础。