卓吾以道为虚空，认为道中隐含着儒、道、佛三教。然而，现成论者卓吾所说的虚空，是一股脑儿地归于活泼泼的民众生活中的。他的功利实用论，也可以说是用来论述现成的虚空思想的。这只要从卓吾所说的“除却穿衣吃饭，无伦物矣……学者只宜于伦物上识真空，不当于伦物上辨伦物”（同上书卷1，《答邓石阳》）一段话中，就自然能理解了。然而，虽说卓吾主张现成，但由于以虚空为道，所以他又追求不执于伦物的达人宏识。在他看来，达人宏识就是自得于恬淡之境的认识（参见同上书卷1，《答耿中丞论谈》）。
原来，以道家的自然无为为道的超越的自然主义，其立场来自于对儒家人伦的超越和批判。佛教的空论也持同样的立场。因此，在包摄三教的卓吾的现成虚空思想中隐含着佛老立场，是理所当然的。然而，卓吾所说的虚空之道，由于加入了现成思想的成分，所以便产生了批判儒家人伦主义的直情径行之倾向。因此，卓吾把道学家的严肃的伦理主义和教条主义，或者道统意识，当作束缚人的自然性情的东西而加以批判，并且对道学家饰虚文而欠实用，利用道学作为荣身之资、虚伪之具的行径，进行了尖锐的批判，剥去了他们伪善的画皮，揭露了他们的本质（参见同上书卷2，《与邓鼎石》，《与焦弱侯》）。所以即使品评古今人物，他也提出了与儒家传统评价相反的怪异之论。正如祩宏所说的那样，卓吾大倡奇异之论，如称赞被称为暴君的秦始皇为“千古一帝”，并称无节操、蒙恶名的大臣冯道为“大豪杰”。这种议论在《李氏藏书》中比比皆是。
卓吾说过，小人误国尚能救之，若君子误国，则万万不能救矣。为什么这么呢？因为君子本心无耻，却还要固执其道而大胆决事。在他看来，朱子之流就是这样的人（参见《李氏焚书》卷5，《党籍碑》）。故而他对朱子的批判尤为激烈。比如他非难作为百世之宗的朱子的古今人品说，认为是违于公是、远于人情的说教。又比如被朱子列于《名臣录》的王安石，在卓吾看来，则是用奸邪倾覆国家之人；而对朱子所激烈诋毁的苏东坡，他则以为其道德文章是古今所敬仰的（参见同上书卷5，《文公著书》）。
卓吾对道学的批判，最终还波及古代儒家，连孟子、曾子甚至孔子，也经常受到他的批判（参见同上书卷1，《答耿中丞书》）。卓吾高举反道学、反儒家的旗帜，结果发展到谈论政治而称赞老子的无为，甚至肯定张仪、苏秦之策的地步。