这一时期的重要政策文件有2000年的《关于深化教育改革全面推进素质教育的决定》、《面向21世纪教育振兴行动计划》，乃至2010年《国家中长期教育改革与发展规划纲要》。
（一）财政投资政策
1.地方政府成为高等教育财政投资主体
1999年6月中共中央、国务院颁布《关于深化教育改革全面推进素质教育的决定》，要求进一步简政放权，加大省级人民政府发展和管理本地区教育的权力以及统筹力度，特别是把发展高等职业教育和大部分高等专科教育的权力以及责任交给省级人民政府。1999年国务院进一步调整国务院部门所属高校管理体制和布局结构，规定除教育部、外交部、国防科工委、国家民委、公安部、安全部、海关总署、民航总局、体育总局、侨办、中科院、地震局等部门和单位继续管理其所属学校外，国务院部门和单位不再直接管理学校。少数普通高校划归教育部管理或由教育部负责调整，其他普通高校实行“中央与地方共建，以地方管理为主”的体制，由地方统筹管理。2000年2月国务院转发《教育部等部门关于调整国务院部门（单位）所属学校管理体制和布局结构实施意见的通知》。调整方案中提出，将22所普通高校划转教育部管理，34所普通高校由教育部负责调整。97所普通高校实行中央与地方共建、以地方管理为主，并由地方统筹进行必要的布局结构调整。其中与投资体制关系密切的内容有，中央与地方共建、以地方管理为主的普通高校，其国有资产、人员编制、劳动工资管理等均由省级人民政府负责。由部门下属企事业单位继续举办的学校，人、财、物等管理体制不变，教育业务按照属地化原则由地方教育部门管理。实行中央与地方共建、以地方管理为主的普通高校的教育事业费，由财政部按照1999年度调整预算数扣除一次性专项后，再上浮15%，作为下划地方的经费指标；公费医疗经费和房改经费（专项用于补助建立住房公积金），由财政部按照1999年预算执行数，从2000年起划转到地方，并由地方财政部门核拨到学校。凡财政部按原中等专业学校户头拨款的由中等专业学校升格的普通高校，其事业费按1999年拨款额划转地方。学校所需基建投资，原则上按照学校前5年（1995-1999年）中央预算内投资的年平均数，结合建设项目和学校发展的实际情况，由教育部会同原主管部门（单位）和有关省（自治区、直辖市）与国家计委协商确定投资基数，继续由中央支持一段时间后再转由地方政府负责。由国家计委按建设项目给予上述学校一定额度的一次性专项补助。同时，政府对于扩招政策的投资支持力度进一步加大：为缓解高校办学条件紧张的压力，中央财政从1999年增发的600亿元国债中专门拨出14亿元用于这次高校扩招经费补贴，其中7亿元用于补贴中央部委所属高校，另外7亿元用于补贴地方政府所属高校，同时，国债安排时还吸引了地方、部门和学校的配套投入37亿元。[1]2001年7月《教育部关于印发〈全国教育事业第十个五年计划〉的通知》要求建立、健全实行中央和省级人民政府两级管理，以省级人民政府管理为主的新体制，指出政府应主要运用拨款和立法、规划、评估、信息服务、政策指导、执法监督等手段对教育进行宏观管理。
2.中央政府侧重重点建设与共建计划
除继续实施“211工程”建设以外，1999年国家开始启动一流大学建设计划，三年中分别给北京大学、清华大学各投入18亿元。同时，也给复旦大学等7所院校一定力度的投入。截至2008年，列入“985工程”的高校为39所，中央财政与学校所在地政府集中予以财力支持。
为了帮助河南、山西等没有教育部直属高校的省份加快高等教育发展，2004年，教育部实施共建计划，与地方政府联合共建一所地方重点大学，并在政策资金上给予一定的投入。郑州大学成为第一所共建的院校。经过积极努力，2008年河南大学成为河南省第二所与教育部共建高校。这是教育公平在高等教育领域的一种体现。
3.改革科研经费的投资政策
1999年我国实施《面向21世纪教育振兴行动计划》，其中规定实施“高层次创造性人才工程”，加强高校科研工作，使高校积极参与国家创新体系建设，要采取国家拨款与自筹经费相结合的办法增强科研经费支持力度，提高科研、教学质量及设备装备水平。高校实行国家重点实验室和开放实验室访问学者制度，国家设立专项基金，用于实验室业务费用。实施“高校高新技术产业化工程”。加强产学研合作，鼓励高校与科研院所开展多种形式的联合、合作，在高校周围形成高新技术企业群。教育部成立高校发展资助机构，用于资助高校有开发前景的重大科技项目。1999年5月教育部、财政部联合发布《面向21世纪教育振兴行动计划专项资金管理暂行办法》，规定“行动计划”专项资金来源于国家财政拨款。专项资金的管理实行“统一规划、分类指导、按照现行经费渠道管理、单独核算、专款专用、结余留用”的原则。在“行动计划”专项资金安排使用上明确了财政部、教育部以及有关单位的职责与权限。该计划采用了政府目标管理方式，调动了学校、地方和部门三者的积极性，中央三年投入共达到了144.69亿元。
4.改革预算编制，提高资金使用效率
2000年，国家实行以部门预算为主要内容的预算编制改革，教育部是其中的试点单位。这一改革的核心是建立适应市场经济体制的公共财政框架。在具体预算编制内容上，支出预算被划分为基本支出预算和项目支出预算。对于高等教育领域，项目管理已经在高校进行了几年，这一改革使部门管理更加科学、合理、透明，有利于人大审议、监督。2002年10月教育部印发《教育部2002年财政国库管理制度改革试点工作实施方案》的通知，对天津大学、南开大学、山东大学、青岛海洋大学、石油大学（华东）等高校进行试点，重点为财政直接支付和财政授权支付，以减少中间环节。
（二）学校融资政策（社会资金及银行贷款）
1999年政府开始大力鼓励高校向金融机构融资。教育部2001年7月印发的《全国教育事业第十个五年计划》中明确提出：“适当运用财政、金融、信贷手段发展教育事业，合理利用银行贷款，继续争取世界银行贷款项目。”为此，高校采取了一系列措施，利用银行贷款和其他金融形式为高校扩招提供资金支持。
1.积极利用银行贷款进行基础设施建设
为适应高校扩招的需要，我国高校纷纷向银行贷款，用于征地、扩建校舍、实验室及其他教学基础设施。山东省教育厅所属23所高校贷款75亿多元；四川省各银行向高校发放贷款52亿元；湖南省25所高校中长期贷款近100亿元…… 在银行贷款支持下，不少地方兴起大学城建设。廊坊东方大学城投资达50亿元，宁波市高教园区投资32亿元，南京市江宁大学城投资40多亿元，仙林大学城投入50亿元，广州大学城投资高达120亿元，这些资金主要是依靠银行贷款。
2.积极利用股份合作等方式进行后勤社会化改革
上海市率先实施利用银行贷款促进后勤社会化发展的政策。例如，在建造学生公寓项目上，上海的“政府政策支持，学校提供土地，企业投资建造，银行给予贷款，学生宿费还贷”多元筹资、股份合作模式得到了社会各方的认同和支持。政府规定，对高校应建学生公寓而批准征用的耕地，免征耕地占用税，对学校开展后勤社会化而获得的租金和收入，免征营业税等。上海市采取新的投资机制后，在一年多时间里基本不要国家拨款就建成了33万平方米的高校学生宿舍[2]。
3.积极利用银行贷款等融资手段发展独立学院
随着我国高等教育规模的快速增长，一些地方和高校在高等教育办学机制方面进行了大胆探索，其中由普通高校按照新的机制和模式试办的相对独立的二级学院（以下简称独立学院）发展较快，同时也产生了不少问题和矛盾。教育部在2003年《关于规范并加强普通高校以新的机制和模式试办独立学院管理的若干意见》、2008年《独立学院设置与管理办法》中对独立学院设置的相关指标进行了规范要求。而独立学院教学与后勤设施建设的资金缺口主要依靠从银行贷款解决。在高校融资政策的大力支持下，独立学院的发展十分迅速。2006年，全国318所独立学院本科招生数45.47万人，占全国普通本科院校招生总数的21.99%。
然而，随着国家金融政策的调整，根据国家银监会《关于加强高校贷款风险管理的通知》的要求，有关银行总行要求逐步压缩教育行业贷款总量，除了“211工程”为主的公办本科高校，原则上不办理独立学院的贷款授信，教育类贷款一律上报总行核准。依托银行贷款实现超常规模发展的高等教育面临前所未有的金融风险。2004年教育部、财政部联合下发《关于进一步完善高等学校经济责任制加强银行贷款管理切实防范财务风险的意见》，认为“部分高校对贷款的风险认识不够，还贷的责任意识不强；个别高校贷款论证不充分，贷款规模大大超出高校的经济承受能力；有的高校缺乏勤俭办事业的思想，不切实际地依靠贷款铺摊子、上项目，盲目追求高标准。这些问题必须引起高度重视和认真解决。”为进一步规范直属高校银行贷款行为，控制贷款规模，防范财务风险，教育部决定从2005年起，建立直属高校银行贷款审批制度，并在直属高校建立资金监控系统。
（三）学生收费政策（含资助政策）
自2000年开始，经国务院批准，教育部、原国家计委、财政部每年都下发专门通知，对高校收费做出明确规定。2001年国务院纠风办和教育部联合下发《关于进一步做好治理教育乱收费工作的意见》，要求普通高校收费不准违反国家和省级人民政府批准的高等教育收费规定，不准另立收费项目，不准提高收费标准。规定2001年高等教育收费要稳定在2000年的水平上，不得再提高。不准以任何理由或形式搞“双轨”收费，以及向学生强制服务，变相收费等。2003年5月，教育部、发改委、财政部再次发出通知，稳定高等教育收费项目和标准。2003年6月国务院七部委联合召开全国治理教育乱收费工作电视电话会议，陈至立同志在讲话中指出要千方百计加大对教育的经费投入，为治理教育乱收费问题创造良好环境。2005年4月教育部等七部门联合发布《关于2005年治理教育乱收费工作的实施意见》，其中要求高校收费继续保持稳定，不得出台新的收费项目和提高收费标准。高校凡实行学分制收费的，必须按规定程序报经省级人民政府批准，学生正常完成学业所缴纳的学费总额不得高于实行学年制收费的学费总额。2010年教育部等七部门下发《关于2010年治理教育乱收费、规范教育收费工作的实施意见》，提出深入实施高校招生“阳光工程”，进一步规范高校收费行为的要求。严格规范高校体育、艺术专业招生和成人教育及自学考试收费行为，加强高校中外合作办学收费管理，民办高校（包括独立学院）要对各项收费和使用情况进行公示。
在规范收费制度的同时，我国不断加强对高校学生的财政资助。1999年6月教育部和财政部下发《关于进一步加强高校资助经济困难学生工作的通知》，对原国家教委、财政部发布的《关于在普通高等学校设立勤工助学基金的通知》中的部分内容进行修改，即从1999年9月1日起，各高校每年必须从本校所收学费中提取10%（未修改前为5%）的经费，用于对困难学生进行资助，同时实行学费减免制度，具体减免对象和额度由学校确定。2003年全国高校学费减免金额约为4亿元，享受减免的学生约为20万人。2007年5月，国务院发布文件，建立健全普通高校、高等职业院校和中等职业学校家庭贫困学生资助政策体系。这是我国继免除农村义务教育学杂费之后，促进教育公平的又一重大举措。
为健全学生资助体系，我国还制定并不断完善国家助学贷款制度。1999年根据《国务院转发中国人民银行等部门关于国家助学贷款管理规定（试行）的通知》精神，从1999年9月1日起，北京、上海、天津、重庆、武汉、沈阳、西安、南京八个城市的中央部委所属高校的国家助学贷款试点工作由教育部直接负责管理。为确保国家对经济困难学生的助学贷款工作顺利实施，教育部在1999年8月下发《关于下达1999年国家助学贷款额度及有关工作事项的通知》，同年9月教育部与财政部联合下发《国家助学贷款管理操作规程（试行）》，明确在教育部设立全国学生贷款管理中心，为全国助学贷款部际协调小组的日常办事机构；中国工商银行为中国人民银行批准的国家助学贷款经办银行；贷款对象为学校中经济确实困难的全日制本、专科学生。学生贷款用于支付借款学生学习期间的学费、基本生活费用的支出。国家助学贷款为担保贷款，最长期限不超过借款人毕业后4年，不办理展期。学生所借国家助学贷款利息的50%由财政贴息，其余50%由学生个人负担。
为提高银行对开办国家助学贷款业务的积极性和主动性，2001年由中国人民银行、财政部、教育部和国家税务总局联合下发《关于进一步推进国家助学贷款业务发展的通知》，规定“只要学生持有本人入学通知书、有效居民身份证及《高校国家助学贷款申请表》，并符合有关文件规定，各经办银行都应对其发放国家助学贷款”，并规定“国家助学贷款为无担保的信用贷款”，允许一校多行开办国家助学贷款业务。各高校要建立校领导责任制，要在《招生简章》和录取通知中加入有关国家助学贷款政策的内容。并成立了国家助学贷款部际协调小组，负责决定给学校发放贴息贷款的额度，以确保学生贷款。2002年教育部办公厅下发《关于高等学校切实配合经办银行做好国家助学贷款工作的通知》，要求各高校确保国家助学贷款的“四定” （定学校、定范围、定额度、定银行）、“三考核”（按月考核经办银行国家助学贷款的申请人数和申请金额、考核已审批贷款人数和贷款合同金额、考核实际发放人数和发放金额）工作全面到位，认真指导并协助学生办理贷款的有关手续，建立经济困难学生档案和申请国家助学贷款学生档案。利用高等教育学历证书查询系统，建立高校学生信用征询系统。落实定期统计报告制度，建立责任检查制度。
2004年6月，教育部、财政部、中国人民银行和银监会联合发文并经国务院批准转发《关于进一步完善国家助学贷款工作的若干意见》，这一文件成为国家助学贷款工作方面的标志性文件，后又制定下发了《国家助学贷款风险补偿专项资金管理办法》、《国家助学贷款财政贴息管理办法》、《国家助学贷款招投标办法》等配套文件，进一步完善了国家助学贷款政策：一是改革财政贴息方式，实行借款学生在校期间的贷款利息全部由财政补贴，毕业后全部自付的办法，借款学生毕业后开始计付利息；二是延长还贷年限，实行借款学生毕业后视就业情况，在1～2年后开始还贷、6年内还清的做法；三是对毕业后自愿到国家需要的艰苦地区、艰苦行业工作，服务期达到一定年限的借款学生，经批准可以以奖学金方式代偿其贷款本息；四是改革经办银行确定办法，实行由政府按隶属关系委托全国和省级国家助学贷款管理中心通过招投标方式确定国家助学贷款经办银行；五是对普通高校实行借款总额包干办法，明确普通高校、银行和学生在国家助学贷款实施工作中的责任；六是建立和完善贷款偿还的风险防范与补偿机制，按隶属关系，由财政和普通高校按贷款当年发生额的一定比例建立国家助学贷款风险补偿专项资金，给予经办银行适当补偿。由以上分析可以看出，虽然关于这种助学贷款政策的利弊仍然存在一些争议，但是该项政策无疑充分表现了政府对民生问题的关注。
（四）学校创收政策
1999年 8月，党中央、国务院召开了全国科技创新大会，江泽民同志在大会上强调指出：“要求高等学校及科研机构与企业加强联合协作，支持高等学校发展大学科技园，增强高校为各类企业转化高新技术成果提供服务的能力”。2000年，科技部、教育部联合召开了“大学科技园发展战略研讨会”，着重对加快大学科技园发展的意义，大学科技园的定位与发展模式以及推进大学科技园建设的政策和措施等问题进行了深入讨论。2001年3月，科技部、教育部对先后参加试点工作的二十多所大学科技园进行评审，正式颁发了22个 “国家大学科技园”标牌。这些大学科技园所依托的高校有67所，共投入资金170.65亿元，其中吸引社会资金约130亿元，地方和高校投入约40亿元，两部委引导资金仅1500万元。2000年园内企业实现销售收入257亿元，比1999年的134亿元增长92%。[3]
2001年 9月，全国高校企业改制和发展经验交流会暨高校产业协会会议召开。时任教育部副部长周济同志在会上指出，很多学校更多地强调基础性研究工作，而忽视了产业化，高校必须面向国民经济主战场，充分发挥自身社会服务功能，尤其是科技成果的产业化。高校应当进一步解放思想、开拓创新，实现社会生产力的快速发展。高校产业要按照现代企业制度进行改制，改变过去学校管理薄弱、产权不清的弊端，改革、发展、规范，引入新的制度，建立创新体制。同年出台的《关于北京大学清华大学规范校办企业管理体制试点指导意见》，标志着我国高校产业体制改革的开始。[4]2005年7月，教育部召开全国高校科技产业工作会议。时任部长周济同志讲话强调，要积极探索利用高校的科学技术优势，通过技术转让，或以技术入股为主，创办高校企业等多种方式来推动高校的成果转化。更好地利用高校的科技和智力优势，主要以技术转移、技术入股方式进行成果转化，并在产业过程中发挥重要的作用，要把大学科技园的发展纳入学校产业发展规划之中。此后，教育部又相继颁布了《关于积极发展、规范管理高校科技产业的指导意见》（2005年）、《教育部关于高校产业规范化建设中组建高校资产经营有限公司的若干意见》（2006年）等文件。
在高校积极发展校办产业的同时，国家先后出台了一些税收优惠政策。2004年国务院发布《关于教育税收政策的通知》，对高校创收在营业税、增值税、所得税等方面给予减免。2007年《国家企业所得税法》规定，符合条件的非营业性组织的收入为免税收入，这也为校办产业的税费减免提供了法律依据。
（五）社会捐赠政策
1999年我国颁布《中华人民共和国公益事业捐赠法》，该法案将社会和个人、团体对教育事业的捐赠包含其中，除了对受赠人（或单位）在捐赠财产的使用、管理等方面提出相关法律要求外，还实行给予捐赠人（或单位）在所得税以及各种增值税上给予减免等一系列优惠政策。2003年开始实行的《民办教育促进法》规定，“国家对向民办学校捐赠财产的公民、法人或者其他组织按照有关规定给予税收优惠，并予以表彰。”这对于提高社会捐赠对高等教育事业的参与以及在全社会形成良好的社会捐赠氛围，有一定的促进作用。