古奎子携着王小姐在山间躲避半年之久才回家，读书种田生子日子过得倒也自在，后来清军基本统一，朝廷下达汉人剃发令，派官府督导此事，古奎子一怒之下自己剃个光头要去临济寺出家，结果排队轮不上。那时候出家当和尚是汉族知识分子的时尚，就连洪承畴之妻也愤而削发为尼。古奎子后来又到柏林寺要求出家为僧。
方丈悲音问：“汝尚有亲人在世？”
古奎子曰：“唯有妻儿与岳父在。”
悲音曰：“汝忍心抛子使其不教？苟且而生尤勇于万般悲壮，当取功名以济天下。”
古奎子由此发愤读书并教育乡里之子，顺治十五年考中进士，时年三十六，初为内阁侍读，后至太仆寺少卿，顺治后期笃信佛教，曾迎江南湖州报恩寺龙池派玉林琇法师入宫说法，后玉林归，又召其太子茆溪行森留在身边，今有木陈忞和尚常随左右。
古奎子因跟随王敬忠多年，于佛学造诣极深，与茆溪、行森等时常切磋交流，顺治帝召见古奎子时曾不许其行君臣之礼，而以同门平辈尊之。
后董鄂妃死，顺治悲情厌世，心生出家之念，自己剃个光头，寻死觅活，孝庄太后使人传召玉林来，玉林架薪欲烧茆溪，方逼顺治收回出家之念。
顺治曾写诗赞出家，与古奎子商议秘密赴五台山出家一事，古奎子谏言：“若皇上以转轮圣王之位倡佛，则佛法大兴也，万民受福，比临西方。而只身出家，仅使一人得自在，不知后世皇族如何看待佛教，毕竟爱王位江山者众，愿三思之。”
顺治曾向古奎子询问佛教中可有治世经典，古奎子推荐《仁王守护国界经》与《四十二章经》，顺治下令使旗主必阅之。
顺治十八年，帝染天花，密召古奎子，入养心殿，古奎子见之躺在**，已无力起身，潸然泪下。
顺治言：“吾已实在不支，欲立接班人，太后与汤若望法玛皆劝立三太子玄烨，因其已出过痘，卿觉如何？”
古奎子曰：“玄烨皇子气势慑人，当来必成一代圣君。”话毕语气带噎。
顺治见状，问：“何事伤感至此，你我共知生死如梦也。”
古奎子忙释之，“吾幼时，母亲与大姑俱为明军所害，父亲愤而出家，法名玄音，与皇子玄烨音似，忽忆起父亲，不知他现在何处，故悲切。”
顺治深叹一口气，“吾与汝虽属二族，名分君臣，却情同手足，汝之才华出类拔萃，可否为当来皇储起一年号？”
古奎子曰：“现恐尚早，愿陛下之体即日安康，如晨曦之化日，熙和无垠。”
顺治惨笑地摇头，“吾恐无救也，康熙，此名听来不错，大气。”
古奎子称喏，“当来必光炳千古，历时长春也。”
顺治在驾崩前任古奎子为江苏提学使，顺治病死，古奎子在顾命大臣苏克萨哈的带领下一瞻顺治最后的遗容。
康熙十四年，皇帝闻说吴梅村言顺治可能在五台山出家一事，召人问之，有太监曰古奎子有可能知道，遂将已是江苏巡抚的古奎子召入京城询问，古奎子俱以实相告，帝闻之，涕若滂沱。
古奎子晚年辞官回乡，专以教书为乐，享年八十有六，一生喜收徒，门生不计其数，多有中举人进士者，其中还出过一位都御史和一位吏部郎中。
其子古天洛于康熙十九年中进士，初为菏泽通判，后升至郑州府尹，晚年亦回乡，享年七十有八。
古天洛长子古钺铭于康熙四十九年中进士，任至大理寺少卿，卒于任，无子，三女送终。次子古钺鉴与康熙五十五年中进士，任至邯郸府令，晚年回乡，其后不详。
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