报告进攻永泰始末情形，并请准陈总司令调回永春、安溪梁、丘两部队至长泰，亲自督操训讲，以图日有进步。一面条陈本支队根本改良办法，及全军编配整理方式，陈总司令不尽采用。
1918年9月18日蒋介石第二次来到援闽粤军军中，晋升为粤军第二支队司令官。陈炯明拨给他一千人，命他驻守距漳州市北30里的长泰镇。9月20日，蒋介石在长泰举行粤军第二支队司令部成立典礼。蒋介石按照古代出师行祭旗礼的仪式，亲自写了一篇祭告文，在典礼上宣读：“伏愿而今而后，战必胜，攻必克，统一中华，平定全亚，威振寰瀛，光耀两极，完成革命伟大之盛业，皆自神灵所赐也。”从这篇祭文中可以看出，此时当了司令的蒋介石，踌躇满志，要干一番事业了。
1918年11月，粤军兵分两路，自漳州出发，以钳形阵势进取福建省会福州。11月19日，蒋介石率领第二支队的一千士兵，由长泰出发，向福州进军。12月2日占领嵩口。12月7日，蒋介石率队向福州市的门户永泰县城进发时，接到总司令部的停战命令。
1918年11月11日，德国与协约国签订休战条约，第一次世界大战结束，美、英腾出手来和日本争夺在中国的权益。为了打击亲日派军阀把持北京政府，美、英利用中国人民反对军阀混战的呼声，指责段祺瑞将日本的借款和武器用于内战，“劝告”北京政府与广东的军政府停战议和。段祺瑞也因日本寺内正毅内阁的倒台，新上台的原敬内阁不再支付“西原借款”，从而失去国务总理的职位。根据国际、国内政治形势的变化，孙中山也命令在福建同北洋军阀作战的粤军停战。
蒋介石接到停战命令后，并没有执行，他认为“半月来挺进七百里之孤军”，“艰险备尝”，猝然停战，“功败垂成，几为心碎”。于是蒋介石继续进攻永泰。8日攻克永泰，10日蒋介石才发表停战命令。
但是，福州北洋军阀的督军李厚基并不遵守停战协议，于12月15日集中优势兵力，突然向永泰进攻，蒋介石的守城军队争先逃遁，“敌军攻入城中，中正(蒋介石)只身冲围而出”。蒋介石说：在这次战役中，他遗失了过去6年间所记的日记，和自日本留学以来最爱读的军事书籍。
1919年1月4日，蒋介石由永泰逃回漳州。15日陈炯明写给蒋介石一封信，向他表示永泰一战的严重失败“非关吾兄(蒋介石)处置之不当”，恳嘱蒋介石仍以第二支队司令官的身份，继续留在漳州的粤军总司令部内。
附节陈炯明书
得手书，具佩关怀大局，留心军务，其中亟须整顿准备者，当即如议办理，一时碍难进行者，姑俟大局稍定再举。此次挺进不能达目的，非关吾兄处置之不当，军事作战之不力，盖有种种主因，非战之罪也。……现我军虽撤退，然于军威无损，局面不摇，增者阅历，尚可为异日之受用，未见为失也。(1月15日)
撰拟《废督裁兵议》
正在巴黎会议**之际的1919年2月19日，蒋介石撰拟了一篇为中国建军目标的《废督裁兵议》。这是鉴于中国内乱纷争的症结在于为军阀代表的督军们穷兵黩武，为改变军阀林立的局面，而提出来的，目的在于废止督军、整建兵制。其要点是这样的：
“裁兵之法，当以征兵之制为则。使军队皆为国家之军队，则国家对于军队当设‘军政检定会’，以监督其军政。而以每省各选一本籍最高而有声望之军官组织之。凡关于增兵、裁兵、调兵、征兵以及其军费、军制与黜陟军官诸问题，皆须由其检定会认可以后，陆军部方可咨请国会表决，而后由陆军部执行，则陆军部纯为军事执行机关。今以监督之权，授之军政检定会；表决之权，归之于民意机关；执行之权，付诸陆军部。庶人民有参与军政之权，而兵权则不为武人所专擅，则国家有永久和平之望也。
在粤军方面，其最大的难题也正是军制没有近代化。举例来说，就像因籍贯之不同而形成派系一点，在粤军中便有以陈炯明为中心的广东东江、惠州集团，以邓铿为中心的粤东集团，以许崇智为中心的福建集团，乃至响应革命的浙军等区分。由于派系意识作祟，而妨害到部队的领导统驭。”
蒋介石为期对此等现象能有所改善，乃暂时耐心留在福建。6月间，接眷属就居厦门附近的鼓浪屿，精心研拟改革军队的具体计划。
当时正是第一次世界大战结束，巴黎和会举行期间，中国国内虽受到国际大气候的影响，没有打大仗；但军阀林立，各自拥兵自重，内战随时随地都可爆发。为此，蒋以军人的敏感，撰写了一篇《废督裁兵议》的论文，其中一些具体措施大可考究，但基本意思不错，那就是应“使军队皆为国家之军队”、“兵权不为武人所专擅，则国家有永久和平之望”。可是说来容易做来难，“军队国家化”，蒋自己终其一生，也没有兑现！
北京学生团三千余人，要求取消中日各项秘约，为外交示威运动。
1919年的新年在停战中来临，虽然是当永泰战役的严重失败之后，但陈炯明表示“非关吾兄(蒋介石)处置不当”恳嘱继续留任，于是，蒋介石仍以第二支队司令官的身份留在漳州总司令部。
不过战争业已结束，要做的事，只是营房和练兵场的设计工作。为此，蒋介石乃于3月间请假返回上海，晋谒孙中山请训。
4月间，蒋介石母亲王太夫人由故乡奉化扶病来沪，蒋介石把她迎养于寓中。虽然只有不过两星期的短暂团聚，但母子朝夕共话家常，回忆不尽。约两个月的假期届满，蒋介石离开上海时，王太夫人流泪谆告：“在我还生存人世的时候，务必每年归省一次。……”接着又对身为一军之长应该注意的事作了如下的训诲：“在军供职，用人最宜小心。……”这两句话，蒋介石后来体会是非常有道理的教训。5月2日，返抵长泰第二支队司令部任所。
两天之后，“五四运动”在北京发生。所谓“五四运动”，是国民愤于第一次世界大战后在“巴黎和会”中的列强各国，尤其是日本的强横态度，而爆发出来的群众行动。
巴黎和会在这一年的1月18日开幕，有32个国家的代表参加。
五四运动对孙中山也是一个推动。他这时在上海不再是闭门著书，“对外纷纭，殊不欲过问”了。他接见全国学生联合会代表，发表赞助学生运动的演讲，积极营救被捕学生。
为了适应当前的革命形势，孙中山决定改组中华革命党，于1919年10月10日发表公告，把中华革命党改组为中国国民党(加上“中国”二字，是表示区别于1912年的国民党)。废除了旧党章，订立了新规约。以“巩固共和，实行三民主义”为政纲。孙中山准备用这个改组后的新党来继续领导革命。
以陈总司令外宽内忌，难与共事，邓铿亦不加谅，志愿多违，愤然求去。乃致邓书以自明心迹，并邀转达。
蒋介石回到福建，陈炯明仍命蒋介石率第二支队驻长泰。这时虽然与北洋军阀停战了，但地方上的土匪，也就是小军阀，为了从粤军手中夺地盘，不断地发生战争。蒋介石的一个营被土匪击溃，5月16日陈炯明调蒋到漳州粤军总司令部计划剿灭地方土匪。除了土匪捣乱以外，粤军中派系斗争日趋严重，形成了以陈炯明为首的惠州派，以邓仲元为首的粤东派和以许崇智为首的福建派。蒋介石不属任何一派，他深感备受排挤。这时，蒋母王氏命他把家眷接到身边。蒋介石就以安置眷属和要精心研究、拟订粤军改革计划为由，离开了漳州总司令部，到厦门鼓浪屿租赁了一所房子闲居起来。蒋介石在鼓浪屿并没有写什么军队改革计划，在6月21日，给参谋长邓仲元写了信，信中自我表白，对完成任务，自己做到了极限，对军队建设，自己注重军纪，锐意改革，反而招致排挤。用人不能自主，军费不得支持。在这封信上，蒋介石只抱怨，还没有提出辞职。
附节致邓仲元书
……足下处事以谨慎，而转入固我，其病又坐狭隘偏急，然对于弟则仁已至矣，弟亦谓极足下海阔天空之量矣，然而犹以为未足任其翱翔也。足下对他人未必如弟也，他人亦未必如弟之能愿足下也。每闻人言，足下有伯夷之隘，所谓君子之过皆见之者非耶。此其故由于足下嫉恶过严，泾渭太分耳，弟亦时有此病，而转以规足下者，盖不忍知而不言、言而不尽也。老子以谄谀我者为贼，子路人告之以有过则喜，我思古人，实获我心，愿我辈互相警戒，互相勉励，则寡过之道，为善之机，胥在乎是。弟虽不勇，然愿足下有以教我，则收友直之益多矣。(6月21日)
再致邓参谋长书。
7月4日，粤军发生内讧，浙江籍士兵与粤籍士兵发生枪击事件，互有伤亡。蒋介石于7月9日再次给邓仲元写信，信中认为粤军这样下去，“久之必有沈笃决裂，不可救药之一日”，他在粤军中所做一切工作，“皆不过为他人做嫁衣裳”。信中又列举了粤军种种弊端和自己遭受的排挤和诽谤，表示不“乐与小人争权利”，并说近来“耳鸣、脑晕、胃伤、腹泻不止”，要及时医治。请转告陈总司令，无论为公为私，皆不得不离职远避了。
附节致邓仲元书
上次在漳西陈个人去留问题，语悉由衷，想蒙鉴?。弟留连于本军者，已越一载，始以足下推毂之重，继以总座爱护之深，故敢竭尽驽钝效其驱驰，以助总座者助本党，公义私情所由来也。默察今之局势以及最近措施，非特无益于党，无利于国，而且无以孙先生。如是而又欲恋其栈豆，自问初心，能无赧怍。弟自去年怫然而去，赧然而归，以常情论之，已属浅率，早为识者所刺讥。然揆之于情，度之于义，无所负疚，则悠悠之口，唯有付之一笑，亦奚足以容怀乎。又自永泰退回，以成败论事者多，卒致诽谤交作，雌黄沸腾。唯当时弟天君泰然，神明自若，此心此志，鬼神可鉴，故乃忍辱负重，含羞抱耻，示其大度，以冀万一之补救，尚无辞退之决心也。今则心劳力绌，自愧才不足以御下，德不足以服众，而又信不足以孚人，内无指挥之具，外乏应付之方，对本军不能补助毫末，在支队又难如愿设施。而犹依依不舍，则谓之素餐尸位顽钝无耻者可，即谓之患得患失鄙夫自待者，亦无不可。若长此以往，窃恐同入于争权夺利、盗名窃位者漩涡之中而不自觉耳。若此，则人将谓我以义始者以利终，其品格不几一落千丈乎。夫人熟不乐与君子共事业，然亦孰乐与小人争权利，况君子道消，小人道长，道高一尺，魔高一丈，历观往事，每每如此。若不于此时引退，以待将来排挤轧轹而后已，势不至丧失人格而不止，岂不大可哀乎。若夫本军之情状，则每况愈下矣。前之尾大不掉与麻木不仁者，咸成为痼疾，今之党派之争，区域之分者，又成为初症。痼疾以迁延不治，积之时日而更深，新症以讳疾忌医，自贻将来之伊戚，久之必有沈笃决裂不可救药之一日。弟据后果以溯前因，凡吾辈所设施者，皆不过为他人作嫁衣裳耳。言念及此，吾为自身惜，又为吾兄悲，窃谓本军现象，无论对对外，如再不摧陷廓清，则将来更难收拾。弟非不知因循可以渐图补缀，苟且可以弥缝一时，然而养痈遗患，其溃烂势所必至也。本军人数之多，百有余营，辟地之广，二十有余县，然而土匪作梗，安永失守，延宕二月，竟不能痛剿殄灭者，无他，军纪不振，军心不一，兄弟既有阋墙之争，外侮故无同心之御耳。今日本军所受之辱，不可谓不大，即使上下卧薪尝胆，发愤雪耻，犹虞不及。今乃不以为耻，不以为仇，而反以为友，是而可忍，孰不可忍也。盖弟因始谋不臧，威声不著，既不能出一将一卒以捍患，忝窃司令之名，曩以永春、安溪问题尚未解决，告辞恐近于规避，不料延宕至今，茫无头绪，未知了自何日，再三思维，顾弟一人之去留，毫无关系者也。因而思退之心益切，如一日不退职，精神多受一日苦痛，即职务亦多一日荒废。回防以来，耳鸣、脑晕、胃伤，腹泻不止，偶有思虑，则彻夜不寐，若非及时攻治，必在痼病。近日又有浙军关系，无论弟赴汕驻漳，双方浙军皆不安心，此次往厦。未见潘某之前，谣诼纷起，潘亦不明弟赴厦任务，诸多怀贰，及会晤之后，反复陈疏，其于公务虽能释然于怀，而对于弟个人之疑惧，终不能涣然冰消。不宁唯是，即弟在长泰，亦深为他啊所疑忌。故弟在粤军一日，人将以我有粤军为后援，非特弟个人受其排挤，即本军亦大受影响，故弟为公为私，皆不得不离职远避也。且第二支队司令部，以事实论之，形同赘疣，已无存在之必要。况自弟任事以来，军事毫无起色，饷需徒增糜费，人孰无良，能无愧。