（1）患有血小板减少症或出血性疾病的孩子，肌内注射疫苗时可能会引起注射部位出血。
（2）对有慢性免疫功能缺陷的患者而言，即使基础疾病可能使其免疫应答受限，也推荐接种该疫苗。只不过，正在接受免疫抑制剂治疗或免疫功能缺陷者，接种本疫苗后产生的免疫应答可能会减弱。因此，疫苗接种应推迟到治疗结束后，以确保其得到了很好的保护。
（3）未控制的癫痫患儿和其他进行性神经系统疾病（如格林-巴利综合征等）患儿，应慎重考虑是否接种。
（4）已知对EV71疫苗中任何一种成分过敏者，发热、急性疾病期患者，以及慢性疾病急性发作者均不得接种该疫苗。
此外，接种EV71疫苗后，若要接种其他疫苗，最好间隔2～4周，若要接种人免疫球蛋白，间隔时间要大于1个月。