攻击肠道的病毒与呼吸道病毒一样变化多端，因此，人类同样终生都面临着数百种不同类型的肠道病毒攻击的风险。这些病毒可通过未清洁的手直接传播，也能通过饮用水、食物和被污染的物体（例如其表面和覆盖层）传播；它们同样非常适应我们的身体和生活方式。胃内的酸性环境能杀死大多数入侵者，但这些病毒能幸存并攻击肠内壁，杀死壁层细胞，从而阻止消化酶的分泌和肠道对**的吸收。这样会导致一系列令人不适的胃肠炎症状。这些病毒会产生大量的后代，这些后代不但能在体外长期存活，并且仅需极低的病毒剂量即可实现感染。轮状病毒和诺如病毒这两种病原体在感染中发挥着主要作用。它们会在体内潜伏1～2天，然后突然引发喷射性呕吐、严重水样腹泻和腹部**，对环境造成实质污染的同时继续生存。
轮状病毒是引起胃肠炎的主因，5岁以下的儿童尤其易感。这种疾病表现出的严重程度不尽相同，但通常会持续4～7天，主要引起脱水等症状。事实上，全球每年约有60万婴幼儿因感染轮状病毒而死亡，大部分死亡病例出现在轮状病毒易于扩散的发展中国家，因为这些国家有时无法提供紧急补液程序。受感染儿童的每毫升粪便中含有上千亿个病毒粒子，而仅需10个病毒粒子就能感染他人。因此，轮状病毒频繁暴发且难以控制也就不足为奇了。
在社区传播的过程中，轮状病毒会像流感病毒一样发生遗传漂移和积累点突变[2]，直至足以感染已对亲代病毒毒株免疫的人群。此外，对于可能成为轮状病毒贮主的动物，其仔畜可能因感染多种轮状病毒而患上胃肠炎，如牛犊、猪仔、羊羔、马驹、鸡和兔。与流感病毒一样，人轮状病毒通过与动物轮状病毒之间的基因重配而时常发生遗传漂移。一种导致大规模流行的全新毒株可能因此而诞生。
诺如病毒是第二种最常见的病毒性胃肠炎病因，仅次于轮状病毒。诺如病毒会导致一种持续时间较短的温和型疾病。这些病毒每年造成全球大约2300万的急性胃肠炎病例，其流行区域通常集中于疗养院、医院、幼儿园、营区和学校。诺如病毒的不寻常之处在于，人体对这种病毒的免疫记忆持续较短，所以它在儿童和成人间均可能引发流行。游轮乘客和船员间暴发此类疾病往往会登上头条，这不仅破坏了船上游客的奢华假日，而且因为船只在疾病暴发溯源和船内消毒时通常必须停止服务，所以游轮公司也会因此蒙受严重损失。
肠道病毒是一类特殊的病毒，顾名思义，这类病毒通过粪口途径传播，感染肠道并随粪便排出体外，但它们仅在侵入其他器官时才会引发问题。其中最广为人知的是脊髓灰质炎病毒，因为它能引起一种危及生命的疾病，即麻痹型脊髓灰质炎，但其发病率仅约1/1000。
与其他肠道病毒相似，脊髓灰质炎病毒可在城镇供水系统和污水处理系统中从容地长期存活，因此，它会在卫生标准较低区域的幼儿间迅速传播。当脊髓灰质炎病毒在肠道及其相关淋巴结内的细胞中生长时不会显现任何症状，但在少数情况下，它们会入侵神经组织并可能导致严重的疾病。脊髓灰质炎病毒会寄生在极少数不幸的感染者的大脑中，导致脑膜炎（又称非麻痹型脊髓灰质炎）。这种病毒还会寄生在部分感染者的脊髓中，并破坏神经细胞，使某些肌肉瘫痪（麻痹型脊髓灰质炎）。麻痹型脊髓灰质炎对于大约5%的病例具有致命性，这主要因为呼吸肌麻痹时可能导致呼吸衰竭。
脊髓灰质炎是20世纪于西方出现的一种现代疾病。它一度在夏季猛烈暴发，看似无差别地袭击任何健康儿童，而不是从一个人传播至另一个人。直到20世纪60年代，疫苗的问世才遏止了这种情况（见第9章）。在目前的发展中国家以及（据推测）20世纪以前的工业化国家中，脊髓灰质炎病毒在社区内自由传播，几乎所有人在幼儿时期均被感染。在这种情况下，人们对麻痹型脊髓灰质炎还知之甚少。这种隐秘的感染被视为由残留的母源抗体产生。在婴儿出生前，这些抗体会穿过胎盘并防止病毒在肠道外传播，从而保护胎儿免受麻痹病的侵害。随着卫生标准提高，婴儿发生感染的情况日益鲜见，许多母亲没有受到感染，所以并未产生足以穿过胎盘并保护胎儿的抗体。因此，麻痹型脊髓灰质炎的发病率与卫生水平成反比，与国家的工业化程度成正比。
许多病毒科依靠粪口传播使人类罹患胃肠炎，如轮状病毒。它们在动物体内也会引起相同症状，给农业生产造成巨大的经济损失。但几个世纪以来，牛瘟的起因——牛瘟病毒所带来的损失和苦难可能超过了任何其他同类病毒。牛瘟病毒与麻疹病毒密切相关，但它们引起的疾病截然不同。牛瘟病毒会感染黄牛、水牛、牦牛、绵羊、山羊、猪、骆驼等偶蹄类动物以及河马、长颈鹿和疣猪等野生动物。它常通过直接接触传播，经口腔进入体内后在鼻部和咽喉的淋巴结内生长，使被感染的动物产生鼻涕。感染会从这些淋巴结蔓延至整个肠道，导致严重溃疡。牛瘟的发病过程可简述为三个环节：流涕、腹泻和死亡。患病动物的死因是体液流失导致的快速脱水。在被感染的动物中，这种疾病的致死率约为90%。
牛瘟曾在欧亚两洲肆虐，当它于19世纪晚期传入非洲后，使当地的牛群数量下降了90%以上，造成了毁灭性的经济打击。全球消灭牛瘟计划于20世纪80年代建立，其目的在于推广疫苗，从而在2010年消灭全球的牛瘟病毒。这项计划取得了成功。该疾病于2010年10月正式宣布已被根除，这也是有史以来被人类消灭的第一种动物疾病和第二种传染病。
医院和疗养院环境中存在多种急性传染性病毒，它们会引发各种医院获得性感染（医院感染）。在当今社会，臭名昭著的细菌感染往往能抢占头条，如耐甲氧西林金黄色葡萄球菌、艰难梭菌和“噬肉菌”——A群链球菌，而医院病毒感染却无人报道，但事实上，严重的医院病毒感染暴发是导致病房关闭的常见原因。
不幸的是，患者在狭小的医院病房内极易感染病毒。有些病毒在社区传播时仅能导致隐性感染或轻微感染，但会给早产儿、癌症患者或其他慢性病患者、老年人和免疫功能不全者带来毁灭性后果。这种感染源往往是新入院的患者，但身体健康的院内工作人员成为感染源的情况也并不罕见，他们可能在毫不知情的情况下传播了潜在的致死性病毒。会导致患者突发喷射性呕吐的诺如病毒特别难以控制，而且其潜伏期仅有1～2天，所以无法及时查明感染源并防止二次传播，因此常常导致病房关闭。
当某些疫情暴发时，病毒甚至会从医院传播至院外社区，从而扩大感染范围，直至相关问题被察觉。香港的严重急性呼吸综合征疫情期间就发生过这种情况。当时，有一名去医院探病者将病毒带回了私人住宅区，最终造成300多人感染，其中42人死亡。埃博拉病毒通常就是由被住院患者感染的工作人员或访客带入社区，然后才被确认暴发。
出乎意料的是，麻疹近年来成为医院环境中的新问题之一。因为麻疹在疫苗覆盖率高的国家比较罕见，这就导致患者在出现皮疹前往往无法确诊，而出现皮疹的患者往往已感染多日。目前，医院中的大多数麻疹指示病例为输入型病例，他们主要是来自或最近到访过低疫苗覆盖率国家且未接种疫苗的院内工作人员或患者。在免疫功能薄弱的人群中，麻疹病毒的致死率高达50%。为防止这类人群受到感染，必须立即实施严格的隔离护理。
因为医院获得性感染问题日益凸显，所以各医院的感染防控专家团队须阻断此类传播。某些病毒会伴随个体终身，并在宿主免疫力下降时进行复制和传播，因而无法通过上述方式预防，我们将在第7章探讨此类病毒感染。
[1] 在本版书出版时（2016年），麻疹病毒尚未灭绝。
[2] 突变的一种，由单个碱基突变引起。