从某种程度上来说，康熙假借三藩上疏请求撤藩的借口下令撤藩，其实存在着武断的成分。在康熙看来，撤藩是你们自己提出的，只要撤藩令一下，你们就必须要拱手相让，更不会叛乱。康熙太过自信，以至于当他知道吴三桂起兵时，还未有丝毫准备。再看吴三桂，一方面和朝廷的官员虚与委蛇，蒙蔽朝廷，另一方面又积极准备、招兵买马、联络旧部，准备起兵。
清廷下令撤藩的决定彻底击碎了吴三桂“世镇云南”的幻想。在撤藩令下来以后，吴三桂第一时间暗中指使其党羽向撤藩使者请愿，要求朝廷撤销这一决定，在被否定后，他又找各种借口拖延执行时间，与其心腹密谋叛乱。
吴三桂认为，云南虽然偏居一隅，但自己已经镇守云南十几年，早已雄霸一方、兵力十足，并且，他的旧部和党羽遍布各省，比如，云南的十镇大帅、贵州提督李本深、四川总兵吴之茂、陕西提督王辅臣等，只要自己拉起起兵大旗，这些人势必会一呼百应，而清廷的开国老将早已垂垂老矣，康熙帝不过是个乳臭未干的黄毛小子，根本不足为虑，自己的儿子吴应熊在北京，但其是额驸，况且自己兵强马壮，“朝廷必不杀，以为之招”。
他还指使其党羽以“九天紫府刘真人”的名义吹捧自己是“中国真主”，为反叛大造舆论。
在经过一阵短暂的准备后，康熙十二年（1673年）十一月底，吴三桂铤而走险，杀巡抚朱国治，自号“周王天下都招讨兵马大元帅”，令部下“蓄发，易衣冠”，起兵云南。
吴三桂在“矢忠新朝”三十年后，又扯起了“复明”的旗号。反叛之前，率部下祭扫桂王陵墓，“恸哭，伏地不能起”，对部下大加煽动。反叛之后，发布檄文，指责清朝“窃我先朝神器，变我中国冠裳”，并声称要“共举大明之文物，悉还中夏之乾坤”。
吴三桂起兵初期，叛军乘锐连下贵州全省、湖南的衡州。与此同时，靖南王耿精忠、平南王尚之信和吴三桂在各地的党羽纷纷响应，比如四川之郑蛟麟、谭弘、吴之茂，广西之罗森、孙延龄，陕西之王辅臣，河北之蔡禄等也先后揭起叛旗，以此对抗清朝。所以，在三藩之乱初，吴三桂势力几乎就占据了半壁江山。相比于靖难之役中的燕王朱棣，吴三桂可谓迎来了梦幻般的开局。
在吴三桂看来，自己的军队战斗力远胜于清廷的八旗军，他举起反清大旗，更可以争取广大汉族人民的支持，而年轻的康熙绝非自己的对手，认为自己是胜券在握了。
吴三桂起兵，貌似顺利，其实隐藏着巨大的隐患。
第一，吴三桂反清的理由不充分。
吴三桂打着“反清复明”的口号反叛清朝，这一点根本站不住脚，吴三桂的“历史”天下人都明白：其一，明朝末年，是吴三桂打开山海关为清兵做了马前卒，把他们放进来的；其二，南明的永历帝，是吴三桂追到缅甸去把他杀死的。吴三桂“叛徒”打着“反清复明”的口号，无非是让更多人耻笑，即便是那些反清复明的仁人志士，也不耻与他合作。
第二，响应吴三桂的藩镇虽多，但真正能与之同心协力的很少。
在吴三桂起兵时，虽然有很多藩镇响应，但是却并不听他的号令，每一个造反的藩镇，所考虑的都是自己的利益，而且是眼前的、一时的利益，而不是长远的、全局的利益，吴三桂对他们发号命令，他们根本不听，也不执行，最典型的就是甘肃的王辅臣，虽然他是从吴三桂身边走出去的，吴三桂也在极力拉拢他，请他出任总管大将军，但他其实并不听吴三桂节制。
另外，藩镇们在吴三桂和清朝之间摇摆不定，瞻前顾后。其中，曾经多次反复的包括耿精忠、尚之信、王辅臣、孙延龄等。可以说，除了吴三桂，以及老牌抗清将领郑经（郑成功的儿子），基本上都是在反叛和投降清朝之间摇摆，造成叛军队伍混乱不堪。由此可见，叛军队伍虽然强大，但真正拼尽全力战斗的却很少。
最重要的是吴三桂和其他造反藩镇之间为了自身利益，矛盾太多，大大消耗了自身力量。比如镇守广西的孙延龄，先受吴三桂的拉拢，举起反清大旗。但是在清朝的招抚下，又投降清朝。后来，吴三桂的孙子吴世琮击杀孙延龄。孙延龄的部众又和吴世琮发生矛盾，攻击吴三桂军队，后来还成为吴三桂后方的心腹大患。可以说，内部消耗是造成吴三桂起兵失败的重要原因。
第三，吴三桂在战略上出现巨大的失误。
吴三桂在湖南战场之后，犯了一个致命性的错误，这让清廷赢得了足够的时间来部署和调兵遣将，吴三桂认为凭借长江之险，能和清廷分庭抗礼，最后实现就算打不败清军，也划江而治的目的，毕竟，割据南方一直是他以来的梦想。所以，他没有听从部下的建议，进行北上或者南下，或是出巴蜀、据汉中，而是分兵湖南、江西、湖北、逐地争夺一些价值不高的城镇，造成战机贻误。
但是，我们看历史上，从来没有一个政权，可以依靠长江，守住南方防线的。必须要深入中原腹地，才可以取得胜利。但是年迈的吴三桂失去进取心，不敢深入中原，因而失去进攻的好机会。
第四，清军采取各个击破的策略镇压叛军。
各路藩镇跟着吴三桂起兵，清军采取的是以招抚为主的策略，康熙下令，只要他们投降，可以既往不咎，还可以对他们加官进爵，但是对起兵头目吴三桂，清廷则坚决打击。另外，吴三桂与个别藩镇之间本身就有矛盾，导致了他被孤立起来。
第五，吴三桂最后阶段称帝，让他彻底失去百姓和其他势力的支持。
吴三桂是打的“反清复明”的旗号造反的，表面上看，他尊奉所谓的朱三太子，实际上，任何一个明朝皇室后裔他都没有遵奉，但这还能勉强说得过去，但是最后阶段，他竟然称帝，这就更站不住脚了，这样一来，他便失去了两方面的支持。一是普通老百姓的支持，二是各反叛藩镇的支持。失去这些支持，谁还愿意跟随他打仗？
可以说，在清朝分化瓦解及吴三桂自己作死的双重作用下，吴三桂走向了灭亡的边沿。