分化瓦解郑氏力量
康熙亲政以来，有三件大事在他的脑海内是必须要完成的——除鳌拜、撤三藩、收复台湾。和前面两件事相比，很明显，收复台湾更有挑战性，因为清军主要是八旗子弟、不善水性，对于他们来说，要越过几百里的海峡攻打下郑氏长期据守的台湾是有很大难度的。
台湾岛是中国的第一大岛，位于中国大陆东南海域，东临太平洋，西隔台湾海峡与福建省相望，南界巴士海峡与菲律宾群岛相对。台湾包含中国第一大岛台湾岛和周围属岛以及澎湖列岛两大岛群，共80余个岛屿所组成，总面积3.6万平方公里。
台湾自古以来与内地有着密切的联系。远古时代台湾与大陆相连，约几百万年前由于地壳运动，部分陆地下沉，海水进入，形成台湾海峡，台湾岛才与大陆分离。三国时期，吴王孙权派将军卫温、诸葛直率一支由一万余名军士、三十多艘船组成的船队到达夷洲（今台湾），是中国大陆居民利用先进的文化知识开发台湾的开始。
宋元时期，汉族人民在澎湖已有相当数量。汉人开拓澎湖后开始向台湾发展，带去先进的生产技术。12世纪中叶南宋将澎湖划归福建路晋江县（今福建晋江）管辖，并派兵戍守。大陆和台湾的联系日渐频繁。
元朝进一步加强对台湾的管理。元世祖曾派员到台湾宣抚，并在澎湖设澎湖巡检司，隶属福建泉州路同安县（今福建厦门），虽然没有直接将台湾岛并入其内，却是中国中央政府对台湾地区的首次官署设置。
明朝初期仍设澎湖巡检司，直至1387年因实施海禁而废除，并把居民迁到漳州、泉州一带。1563年考量沿海治安等因素，复设澎湖巡检司。
明朝以后大陆与台湾的人民往来不绝。永乐年间郑和率船队曾在台湾停留。17世纪20年代的明朝末叶大陆居民开始大规模移居台湾，给台湾社会经济和文化的发展以极大推动。其时福建人颜思齐、郑芝龙为抗拒官府欺压率闽粤居民迁居台湾，一面从事农耕、贸易，另一面组织武装力量抗御倭寇和荷兰人。1628年闽南大旱，百姓无以为生，郑芝龙组织灾民数万到台湾垦荒定居，各地逐渐形成许多村落。台湾自此进入大规模开发时期。
1624年属于荷兰东印度公司的荷兰殖民者为建立与中国、日本贸易的据点侵入南台湾。1626年至1642年西班牙殖民者也曾侵占北台湾，后被荷兰人驱逐。
1652年郭怀一领导了最大规模的一次武装起义，虽最终被镇压，但表明荷兰殖民统治已出现危机。九年后他们配合民族英雄郑成功驱逐荷兰人，收复了台湾。
郑成功收复台湾之时，清朝基本上已经奠定了在台湾的统治地位。但即便如此，全国各地仍然有此起彼伏的抗清势力出现，其中包括南明的抗清斗争，还有农民军余部。郑成功也是明朝遗民，他也一直在东南沿海一带与清军周旋，战事不断，清廷也为此苦恼。不过，值得赞扬的是，郑成功一直强调：“台湾者，早为中国人所经营，中国之土地也。”
康熙元年（1662年），郑成功去世，其弟郑世袭与其子郑经为争夺王位而火并，清廷趁机招降镇守厦门的郑经，郑经交出了玉印。第二年五月，郑经杀死了郑世袭，台湾内乱平息，郑经向清廷请求，希望能按照琉球的藩国形式经营台湾，表示永不登陆，不剃发，不改汉族衣冠，否则，决不投降。
康熙六年（1667年），朝廷派出总兵孔元章两度赴台议抚，答应如郑经归顺，可封“八闽王”。却遭郑经以“非属（中国）版图之中”，以及“先王之志不可坠”为辞拒绝。显然他数典忘祖，他父亲郑成功当年收复台湾时曾在给荷兰殖民统治者揆一的声明中义正词严地指出：“台湾者，早为中国人所经营，中国之领土也！”
在康熙亲政前的一段时间，清朝与郑氏之间一直处于胶着的状态，双方虽然会经常发生一些军事摩擦，但都没有对彼此造成致命性损伤，这是因为，从郑氏方面看，他们势力相对弱小，还不足以威胁到清廷，而从清廷当局来看，大陆各地南明势力依然存在、农民起义也偶有发生，清廷暂时无法集中精力解决台湾问题，况且清军不擅水上作战，茫茫大海成了保护郑氏方面的一个天然屏障。
不过台湾问题始终要解决，既然武力解决不了，那么，就采用招降和和谈的方式。
于是，康熙八年（1669年）八月，刚刚亲政的康熙就派出刑部尚书明珠为钦差大臣，奉旨赴福建主持和议，并派知府慕天颜入台宣抚。此次，康熙作出重大让步：“允许郑氏封藩，世守台湾。”又因郑经故意“苟能照朝鲜事例，不削发……”致使和谈失败。
于是，朝廷就将目标转移到中下层将士身上，通过招抚，分化瓦解郑氏的力量。尤其是郑成功去世后，郑氏内部接连发生争权夺利的内部斗争。
首先是郑氏家族中郑经与其伯父郑泰之间的矛盾。郑泰是家族中的长辈，且长期掌管家族中的财政大权，又率部留守金夏，比郑经势力更盛，遭到郑经的妒忌。
而在郑氏大权的问题上，郑成功逝世后，台诸将举郑成功之弟郑世袭护理国事，而黄昭、萧拱宸等人又以郑经“**”，不堪作为台湾之主，郑泰拥护的就是郑世袭，并和郑世袭的骨干黄昭有过密切的往来。
郑经在知晓这些后，在思明继位发丧，以陈永华为谘议参军、周全斌为五军都督、冯锡范为侍卫，整师准备渡台。在渡台后发现了郑泰和黄昭的来往信件，对郑泰起了杀心。于是，康熙三年（1664年）的六月七日，郑经设计诱郑泰到自己的帐中饮酒，将其勒死，然后派兵抄了他全家。
郑泰的弟弟郑鸣骏及其儿子郑缵绪走投无路，便集结了手下四百余人、兵马一万余，船三百艘来到泉州港，表达了对清朝的归顺。此时的康熙还处于四大臣辅政时期，朝廷认为此事就是收复台湾的最好时机，经过朝廷内部一致商议决定，派海澄公黄梧、福建总督李率泰、提督马得功分别从海澄、同安、泉州三路攻打郑氏盘踞的金厦。
十月十九日，马得功所部与郑军在金门乌纱港大战，清军因不善水性而大败，马得功投海自尽，但黄梧、李率泰两路人马则成功打败了郑军，守护高崎的郑军投降。郑经退守铜山，清军收复了金厦。随后，李率泰到处招降，并开出优厚条件，郑军军心涣散，但此时的郑经依然不投降。
招降郑经的部下让清军看到了希望，于是，清廷从兵部、户部各派两名官员长期在福建、广东、浙江、江苏四省诱降郑军中下级军官，条件是：不问真伪，凡是海上武官率众投降按原官衔继续当官，单个人投降的，降四级续用，有立功者降二级续用，同时，武官也可以改为文官。
这一招降的条件实在太优厚了，郑军上下人心浮动，大家争相投降，已无心再战。其中，郑经将领林顺在他的好友施琅的鼓动下投诚，并且，带领文武官员3985人一起投到清军麾下。还有周全斌、皇廷二人，他们原是郑经退回台湾后留在铜山断后的，但他们不想远离家乡，所以也选择了投降。
康熙十二年（1673年），三藩之乱爆发，已经退居台湾的郑经发现有机可乘，于是，他派船队集结于澎湖，准备兵变。第二年三月，耿精忠叛变，在他的邀请下，郑经开始攻打厦门。当时，清军的主力在与吴三桂的战场上，耿精忠又在攻打江浙，郑经趁机占领了闽海、粤东沿海部分地区，包括漳州、泉州、汀州、兴化、邵武等地和潮州、惠州、广州的一部分州县。其实，郑经的本意并不是和三藩合作，而是想借此机会拿回自己从前在闽粤的据地，而这两个地方，原来在耿精忠和尚之信的控制之下，且他们的矛盾也在逐渐激化。
面对此种情况，康熙并没有兼顾两个战场，而是将主力放到了对付三藩上，对于郑经，他采取的是暂时搁置的策略。康熙十五年（1676年）十月，康亲王杰书亲率大军从浙江出发攻打福建，此时的耿精忠被南面的郑经牵制，无法抵抗，被迫向清朝投诚，并且当了马前卒，转而矛头对准了郑经，如此，郑经开始遭到双面势力的攻击。
两月后，郑经在邵武、乌龙江战场失败，广东全省丢失，他不得不缩短战线，退到汀州，第二年春，兴化、漳州、泉州也被清军拿下，此时的郑军不得不退守到厦门、金门岛屿。
此事，清军和吴三桂的队伍之间打得正如火如荼，清军无暇顾及台湾，康熙决定趁势劝降，于是，他派杰书前往厦门招抚郑经，希望郑经能在败北的情况下与清廷坐下来和谈，但郑经坚持自己的谈判条件——不剃发、不上岸。
康熙十六年（1677年），朝廷再次作出重大让步。只要郑经归顺，答应郑氏在闽粤沿海“拥兵东归，世守边土”，可以考虑对郑氏按朝鲜事例处理。郑经又提出“资以粮饷”等苛刻条件，致使和谈破裂。
康熙郑重承诺：“若郑经留恋台湾，不思抛弃，亦可任从其便。至于比朝鲜不剃发，愿进贡投诚之说，不便允从。朝鲜系从未所有之外国，郑经乃中国之人。”据此可见，凡此种种，康熙皆以最大诚意招抚，而郑经则每每借口托词，其实质正是“请照琉球、高丽外国之例”，即“台独”。这也正是康熙皇帝、清朝政府和全体中国人民断然不能答应的。康熙皇帝的底线——不允许台湾以任何形式独立。
康熙十七年（1678年）农历二月，郑经突发派手下大将刘国轩突袭漳州，清军在无战斗准备的情况下匆匆迎战，接连战败，郑军乘胜攻克同安、海澄，之后派遣一部分兵力北上，剩下一部分据守漳州。
康熙认为漳州失守罪在福建总督朗廷，他指挥不力，在康亲王杰书的推荐下，福建布政使姚启圣走马上任。他在上任后不久，就提出破敌妙计，并且给康熙写了奏折，康熙看后，大为赞赏。这是因为姚启圣秉持的康熙的原则——一面扭转战局，另一面继续派人到厦门招抚郑经。为了扩充兵力，他大力整顿充实绿营兵，革除各种兵役，且招兵买马，加强军力，做好万一和谈不成需再战斗的准备。政治上，他首先稳定民心，帮助百姓解决实际困难。
同时，姚启圣改变了朗廷怀疑闽人与郑氏勾结的做法，且在民间广贴告示，不许挟嫌陷害，告示一贴出，便深得民心，这为后来成功收复台湾打下了基础。在康熙的安排下，姚启圣注重策反和招抚工作，取得了十分显著的效果。
首先，姚启圣下令保护沿海与郑军有乡邻亲戚关系的人，且广贴告示，消除了郑氏官兵的后顾之忧。
其次，姚启圣在漳州设置了“修来馆”专门负责招降郑经大军。专门招抚郑氏官兵，凡来投诚者一律发给银牌以示奖赏。有官职的上报吏部以原职起用，有逃走再来冒领奖赏者也不追究。
命令发出后，投降的士兵纷至沓来。两年内，共招抚明郑官员5153名，士兵35677名，或就地入伍御敌，或随行征剿，推心置腹不疑，异于郎廷之怀疑闽人而不敢用。1679年初，五镇大将廖瑞、黄靖、赖祖、金福、廖兴及副总兵何逊等都各自带领所属官兵来归，文武官员一共374人。不久，纪朝佐、杨廷彩、黄柏、吴定芳、郑奇烈、陈士恺也相继投诚，后又有水师五镇蔡中调、征夷将军江机、杨一豹子等人率部下十余万人投诚。
与此同时，他还在郑军内部散播郑军即将投诚的假消息，并且离间郑军内部的一些部将，给他们送礼物，让他们互相猜忌，这些都取得了很好的效果。
姚启圣的这些招抚政策得到了康熙的大力支持，海澄公黄芳泰原驻漳州，后到汀州，在这两个地方颇有势力和威望，因黄芳度与其家属被郑军杀害，郑军的将士不敢来漳州投诚，为此，姚启圣奏疏康熙，希望能让海澄公黄芳泰出汀州，康熙准奏，让黄芳泰携其家眷回到京师。
在姚启圣的一系列措施下，清军收复台湾的实力得到了扩充，稳定了军心，敌对势力也被大幅削弱，这为后期成功收复台湾奠定了基础。
在这样的情况下，康熙命姚启圣连续给郑经写信，对其进行招抚，姚启圣按照康熙的旨意，在信中对郑经晓之以情、动之以理，且言辞恳切，经过一再争取，郑经也开始逐渐妥协了。
康熙十八年（1679年），康亲王杰书派苏埕再赴厦门，让其与郑经谈判，并承诺郑经曾提出的按照“朝鲜事例，代为题请，永为世好，作屏藩重臣。”郑经看到清廷做出了牺牲，也十分愿意投诚，但就在这个节骨眼上，因为冯锡范的阻挠，此事告吹。
这是因为在清廷内部，对台湾郑氏一直存在招抚和攻打两种主张。主张攻打派主要是施琅。
施琅，福建省泉州府晋江县（今晋江市龙湖镇衙口村）人，祖籍河南固始，明末清初军事家，清朝初期重要将领。
施琅早年是郑芝龙的部将，顺治三年（1646年）随郑芝龙降清。不久又加入郑成功的抗清义旅，成为郑成功的得力助手。郑成功手下曾德一度得罪了施琅，施琅借故杀曾德而得罪了郑成功，郑成功诛杀了施琅父亲与兄弟。由于亲人被郑成功杀害的大恨，施琅再次降清。施琅投降清朝后，被任命为清军同安副将，不久，又被提升为同安总兵、福建水师提督。康熙二十年（1681年），康熙帝采纳了李光地的意见，授施琅福建水师提督，施琅积极进行攻讨台湾的部署准备。康熙二十一年（1682年），康熙帝决定攻台，命施琅与福建总督姚启圣一起进取澎湖、台湾。康熙二十二年（1683年）六月，施琅指挥清军水师先行在澎湖海战对台湾水师获得大胜。上疏吁请清廷在台湾屯兵镇守、设府管理，力主保留台湾、守卫台湾。因功授靖海将军，封靖海侯。
施琅向康熙上了一道《尽陈所见疏》，在里面陈述了如何用武力收复台湾的方法——武力与安抚并用，但侧重点在前者，但也提出无论哪种方法，都要根据具体情况而定，敌顺则抚，敌逆则剿，既然朝廷三番四次安抚都没起到决定性效果，那么，就应该采取武力镇压。
可惜的是，康熙当时还处于四大臣辅政时期，尤其是鳌拜专权，对施琅送去的奏章非但不理，还直接解除了他的兵权，让其留在京师，任内大臣，这其实只是一个闲职。此时的康熙认识到，一直招抚无果，那么收复台湾就不能放弃武力，因此，他决定有必要建立一支强大的水师。
康熙十八年（1679年）八月，康熙下令重建福建水师，调镇江将军王之鼎为水师提督，四月，康熙以在洞庭湖大败吴三桂水军的方正色为提督，从江南、浙江挑选百艘战船编入福建水师队伍，这样，一只足以和郑经水军相抗衡的海上军队就建成了。
水师的建成，果然发挥到了作用。第二年二月，清军分水路和陆路两路进行攻打，势如破竹，郑经慌乱逃回台湾，郑军三百艘战船归降。
经过八年之久的金厦拉锯战，郑经的势力在各方面的打击下，已经摇摇欲坠，而清军重建水师后，锻炼了海战的能力，统一的条件日臻成熟。