各藩营房到处洋溢着胜利气氛，但原城城里却尸体纵横交错，惨不忍睹。
设在城中角落的刑场，于第二天二十九日，不论妇孺，凡被捕的城中住民一概处斩。伊豆守可能为避免后世批评，处斩的人数并未公布，没有留下记录。但会战时战死的、被俘处死的一定为数甚众，住在城里的三万七千人可能全部死亡。《别本天草岛原日记》称：
暴民的尸体弃于本城海边，点火焚烧。当时，苍蝇突然大量产生，不辨土色。
武藏于城陷的第二天（二十九日）清晨，突然准备行装。
“师傅，要走啦？”新太郎吃惊地问道。
“嗯，殿下的事已经完成了。我决定赶回小仓。”
武藏说得有理，所以新太郎也不加挽留。只是有一件事想问清楚。他衷心期望主公忠利能把聘用武藏的意思告诉武藏本人。
新太郎改变方式：“师傅，这次的任务，殿下与家老都很清楚，功劳也难以量度，不知殿下怎么说？”
武藏插嘴道：“新太郎，昨晚，殿下说了难得的话，要我到肥后出任，作商谈政道的对象。”
“真的？师傅！”
新太郎的脸顿然亮了起来。
“那么，师傅的回答呢？”
“对我来说，是件重大的事，要仔细考虑以后再回答。”
“诚然！新太郎希望，务必接受殿下的聘请。”
“要仔细想，现在无法答应，所以才想赶快离开此地。”
武藏接着又说：“由利小姐的事，麻烦你啰。”
“是，此事请勿挂怀，殿下也答应了。”
“聘用主水似已成定局。他一向恋慕公主。如果公主已发觉，什么也别说。否则，你要多注意主水的行动。”
“遵命！”
“叫求马助来！”
“求马助，快来。”
新太郎向营房外喊，求马助正在狭小的空地上挥着木刀。