四月二十六，李自成率残部逃回北京，他气坏了，杀吴三桂全家以泄愤，一面准备守城不出，一面准备从两路调兵过来围攻清军。他当时手中握有百万大军，在北京只要能守一个月，河南、陕北的部队过来切断清军后路，四面围歼，取胜的可能性是很大的，毕竟人数占优，而且骑马不善攻城，以前清军多次倾城而出围攻北京都破不了，袁崇焕和祖大寿在宁远锦州就能狙击强大的清军，大顺军的战斗力犹在关内铁骑之上，他们是一帮亡命之徒。
别怕没粮食，城内老百姓上百万，够大顺军吃一阵子，祖大寿当年不就这么干嘛？一旦转入阵地战，清军又能坚持多久呢？
李自成可不是那种一蹶不振的人，此前十多年，他经历了太多的绝境逢生，任何困难都吓不倒他。
李自成开始准备狙击了，一旦他的计划实现，清军一个月后将被摆平，而明军残部谁敢主动找死，他们的胆儿早就被吓破了。然而历史列车再一次告诉人们，“我的轨道我做主，我欲成就谁，谁就得成就。”
四月二十七、二十八两天，军中传来疫情的报告，军营中大肆蔓延，这种疫情实际上在崇祯最后两三年就开始在北京一带传播，染疾者四肢无力，发烧不退，病者有吐血如西瓜水，病死者面色发黑，更可怕的是这种病易在人群中传染，人群越集中的地方越危险，查证此乃鼠疫，病菌经跳蚤在老鼠与人之间传播，后来可以在人与人之间传播，冬天时病菌暂时潜伏，一看春暖花开便又重新泛滥。守城明军最后因疾病感染而丧失抵抗力，李自成兵不血刃就打进来了，这跟民心向背关系不大。
现在，这个问题摆在李自成面前，而满清那帮愣头青就要跟过来了，守肯定守不住，李自成连夜召集商讨，最后做出决定：“跑，不管天涯海角，此时不能计较一城一地的得失，而以保存有生力量为主。”
四月三十日，李自成撤离北京，撤退前一天在北京登基称帝，鼓了一把瘾。五月初一，清军就进了城，祭奠崇祯，安抚百姓，明朝那些亡民亡臣纷纷剃了头留辫子，表示效忠清朝。李自成逃出后，发现不见了军师宋献策，大概这个人会看星相，一看时局不妙快溜吧，凭自己手艺在哪摆摊算卦不能混口饭吃呢？最嫉妒范文程的恐怕就是他来了，看来择业选老板是多么重要！
李自成的军队此时即如丧家之犬，又像是个传染源，历史记载“凡贼过处皆大疫，不过处无疫。”大顺政权运气有些背。