好在这时英法联军进攻北京、咸丰北走热河，何桂清才暂时性命无忧。等到慈禧当政，局势稍微安定后，很快有人重提此事，慈禧也想借此事大做文章，于是何桂清在同治元年（1862年）五月被逮入刑部问罪。
当时主审此案的刑部郎中余光绰是常州人，他认为何桂清作为封疆大吏却不战而逃，失守城池；为了逃生而击杀执香跪拜的父老19人，此等行径实在是天良丧尽、罪无可赦，拟斩立决。这时，在何桂清多年经营的关系作用下，他的门生旧吏、亲朋好友纷纷通过各种渠道说情并竭力为其开脱，使得这个案件的审判变得错综复杂。
[ 书客网 ShuKe.Com ]这时，慈禧排除众议，她认为不杀何桂清不足以平民愤，也不能刹住那些封疆大吏、府县官员遇贼则逃的歪风，于是当年十月下谕旨将何桂清处决。谕旨下发当天，何桂清便被公开斩首。何桂清是太平军起事以来第一个被朝廷处决的一品大员。此斩既出，百官俱惊，清廷各级官府的纲纪也为之肃然。
第二个撞上枪口的是督办陕西军务的钦差大臣、统兵大员胜保。胜保是满洲镶白旗人，道光朝的进士，在太平天国兴起后，他先后统兵与太平军及捻军作战。在“辛酉政变”中，胜保站在慈禧的一边，他的积极参与可谓是为政变成功提供了强有力的武力保障。按理说，慈禧应该对胜保感恩戴德，即使他犯错也会网开一面，他何以会在政变还不到两年的时间就送命了呢？
事实上，在政变成功后，慈禧也曾对胜保大加赏赐，并很快将他升为正二品的兵部左侍郎，并由镶蓝旗汉军副都统升为上三旗的正黄旗满洲都统，一时间备受恩宠。可惜的是，好运不长，在同治元年（1862年），胜保被授钦差大臣，前往陕西督办军务、镇压回民起义。这时，曾被他招抚的两个义军首领苗沛霖和宋景诗突然反叛，胜保很快被人弹劾“拥寇自重”、“意图谋反”，随后胜保便被革职拿问。
在审讯过程中，胜保的其他罪行被一一揭露，比如谎报大捷、在军队中携带妓女和优伶等，甚至还将太平军将领陈玉成之妻收为己妾，荒**无耻，令慈禧大为震惊。更为重要的是，胜保自以为在“辛酉政变”中立下大功，又通过党护苗沛霖和宋景诗的势力，不但糜费军饷无数，反挟制朝廷，渐有不臣之心。由于胜保兵力所在的位置距离京师很近，弄不好便成朝廷的心腹之患，于是慈禧决定对胜保痛下杀手。
于是，同治元年（1862年）十一月胜保被革职拿问后，于同治二年（1863年）七月便被赐令自尽。在短短的一年多时间里，慈禧便杀了两个一二品大员，这对各朝廷大员和封疆大吏们的震动是巨大的。由此，他们也知道慈禧这个女人心狠手辣，不是个好惹的主。
除此之外，慈禧又在同治元年对官员们进行一次严厉的考核，即所谓“京察”和“大计”（京官的考核叫“京察”，地方官员的考核叫“大计”，每3年进行一次，同治元年正好赶上）。按清朝的制度，“京察”和“大计”都以“四格”、“六法”作为考核标准：“四格”者，即“才”（才干，分长、平、短三等）、“守”（操守，分廉、平、贪三类）、“政”（政务，分勤、平、怠三类）、“年”（年龄，分青、中、老三类）；“六法”者，即“不谨”、“罢软无为”、“浮躁”、“才力不足”、“年老”、“有疾”六个指标。经考核后，官员或升或降，或革或黩，其目的在于奖优惩劣，让各级官员勤勉政务、恪尽职守。
从嘉庆、道光年后，清廷的政风日下，考核的方法固然很好，但在实际操作中，官员们彼此贿赂徇庇、弄虚作假、虚与委蛇的现象也是司空见惯之事。对此，慈禧也略有所知，于是她决定利用这次考核的机会对吏治进行严厉整顿，以淘汰那些不称职的官员并提拔有干劲、有进取心的官员安排在重要岗位上。
既然是慈禧亲自动手，那次考核就要动真格的了。考核结束后，年老体衰的内阁学士巴彦春、平庸无能的光禄寺卿雷以诚及品行败坏的光禄寺少卿范录典，被同时勒令退休；而才华出众、耿介正直的潘祖荫；敢做敢为、胆魄过人的左宗棠等人则得到了擢升。慈禧的新君上任三把火，尽管不能一改往日之颓势，但也算是有所转机。